30 ilə yaxın işğal müddətində Azərbaycanın Şərqi Zəngəzur və Qarabağ bölgələrinin təbiətinə, bioloji müxtəlifliyinə, bütövlükdə regionun ekoloji durumuna ciddi ziyan vurulmuş, qiymətli meşə sahələrinin, flora və faunanın, o cümlədən təbiət abidələrinin məhv edilməsi, su resurslarının çirkləndirilməsi və təbii sərvətlərin talan edilməsi nəticəsində ekoloji tarazlıq pozulmuşdur.
Şərqi Zəngəzur və Qarabağ su ehtiyatları baxımından çox zəngindir. Bu ərazilərdə 14 əsas çay (Araz çayı, Tərtərçay, Bərgüşadçay, Həkəriçay, Oxçuçay, Bəsitçay, Levçay, Zabuxçay, Tutqunçay, Torağayçay, Qarqarçay, Xaçınçay, Quruçay və Köndələnçay), 9 su anbarı (Sərsəng, Suqovuşan, Köndələnçay-1, Köndələnçay-2, Aşağı Köndələnçay, Xaçınçay, Ağdamkənd, Xudafərin və Qız Qalası), bir neçə böyük göl (Böyük Alagöl, Kiçik Alagöl, Qaragöl və s.) və təbii mineral bulaqlar yerləşir.
Bununla yanaşı həmin ərazilərdə ehtiyatları təsdiq edilmiş və balansa qəbul edilmiş 26 su yatağı mövcuddur. Bunların 16-sı yeraltı şirin su, 7-si termal-mineral su, 3-ü mineral su yataqlarıdır. Tərtərdə 2, Ağdamda 2, Cəbrayılda 7, Zəngilanda 2, Füzulidə 1, Şuşada 5, Kəlbəcərdə isə 7 yataq var.
Bu ərazilərdə su ehtiyatlarının dəyişmə tendensiyasının izlənilməsi, hidroloji proqnozların tərtib edilməsi, suyun kəmiyyət və keyfiyyət göstəricilərinin öyrənilməsi məqsədilə mütəmadi olaraq ölçmə işləri aparılır, yeraltı suların kadastrına daxil edilmiş quyular haqqında fond məlumatları araşdırılır.
Aparılan analizlər nəticələrinə əsasən Ermənistan ərazisindən daxil olan transsərhəd çaylar, xüsusilə Oxçuçayın çirklənməyə məruz qaldığını müəyyən edilmişdir. Oxçuçayın çirklənməsinin əsas mənbəyi Ermənistan ərazisində yerləşən Qacaran mis-molibden zavodu və Qafan mis filizsaflaşdırma kombinatının toksiki tullantıları, eləcə də Qafan və Qacaran şəhərlərində formalaşan məişət-çirkab sularının təmizlənmədən birbaşa çaya axıdılmasıdır.
Oxçuçayın çirklənməsinin qarşısının alınması, bioloji ehtiyatlarının bərpası və suyun keyfiyyətinin yaxşılaşdırılması üçün müvafiq tədbirlər görülür. İşğaldan azad edilmiş ərazilərdə yerüstü su ehtiyatlarının qiymətləndirilməsi məqsədilə 10 çay üzərində 11 ədəd avtomat hidroloji stansiya quraşdırılır.
İşğaldan azad edilmiş ərazilərdə dağıdılmış su təchizatı infrastrukturu və su elektrik stansiyaları bərpa edilir, yeni su anbarları və suvarma kanalları yaradılır. Görülən tədbirlər nəticəsində davamlı su təchizatı təmin ediləcək, əkin sahələrinin genişləndirilməsinə, kənd təsərrüfatında yüksək məhsuldarlığın əldə edilməsinə və ekoloji tarazlığın bərpa edilməsinə təminat yaranacaq.